bagaimana cara debuging PHP ?

saya mendapatkan sebuah source code di sebuah forum diskusi, dan saya ingin mengerti bagaimana logika code program tersebut agar dapat saya modifikasi agar sesuai dengan cara kerja program yang sudah saya buat, "TUJUAN SAYA : ingin mengetahui apa saja yang dilakukan code program ini, kenapa bisa menentukan variable a lebih baik dari hasil penghitungan di variable b, dan dapat saya buktikan bahwa benar code ini berjalan sesuai algoritma yang benar (walaupun code program ini memang memberikan jawaban yang sesuai)" saya mulai mendebug code program tersebut dengan aplikasi IDE(PHPStorm, Visual Studio Code yang menggunakan xdebug) maupun tool plugin tambahan melalui composer (debugbar/maximebf). kesulitan mulai saya alami mulai dari debugbar/maximebf, jujur pengetahuan dasar saya tidaklah terlalu kuat jadi beberapa penerapan fungsinya masih saya oprek dan lumayan frustasi..heheheh.. mungkin ada yang sudah pernah mengimplementasikannya dan berhasil, banyak versi debugbar ini namun lebih banyak dipakai dalam aplikasi yang memakai framework, namun pada aplikasi saya masih menggunakan php struktural. naaah pada sisi lain saya juga mengoprek PHPstrom yang saya rasa lumayan memberikan hasil dengan cara yang simple, namun dalam konfigurasinya saya belum menemukan cara bagaimana PHPstorm memberikan hasil debug sebuah halaman full page berisi HTML, ajax, PHP, dan mysql (contohnya index1.php) menghasilkan hasil debug seperti index1.php melakukan GET dengan ajax ke fungsi1.php, lalu di fungsi1.php melakukan penghitungan dengan menggunakan class hitung di fungsi2.php dst.. apakah itu bisa dilakukan? sekian pertanyaan dari saya, maaf jika agak belibet.. terimakasi